Nach dem Feudalsystem des Mittelalters war Batzenhofen an bischöfliche Beamte (Ministerialis) und Krieger (Milites) zum Besoldungsgenuß verliehen, die sich vielfach dem geistlichen Stande widmeten und auch in anderen Orten im Gebiet der bayerischen Herzöge Lehen und Sitz hatten. Während vor ihnen die Bischöfe als Schirmherren der St. Stephanschen Güter Advokaten mit der Verwaltung des Dorfes betrauten, besorgten dies später vom 12. bis zum 14. Jahrhundert die "Edlen von Batzenhofen", ein niederer Orts- bzw. Dienstadel. Sie waren dem bischöflichen Kämmerer von Wellenburg untergeordnet (das sich Mitte des 14. Jahrhunderts im Besitz der Augsburger Patrizierfamilie Portner befand) und wohnten wahrscheinlich auf dem Hügel oberhalb der Schmutter, der späteren Erholungsstätte der adeligen Stiftsdamen von St. Stephan. Beurkundete bischöfliche Dienstmannen (Vögte) von Familien des Rittergeschlechtes von Batzenhofen, die von 1126 bis 1367 im Augsburger Raum als Bürgen und Zeugen wiederholt genannt sind, waren: Manegold de Bazenhoven (1126 - 1179), bezeugt die Schenkung eines Hofgutes von Wimar de Altheim in Schwabmünchen an St. Stephan (Monumenta boica XXII p. 103). - Gerunch de Batzenhoven bezeugt u. a. die Übergabe eines Hofgutes bei Dachau an das Benediktinerstift St. Ulrich in Augsburg (Mon. boica XXII cod trad p. 10). - Heinricus de Bazzenhoven übergibt zwischen 1149 und 1164 mit seinen Söhnen ein Gut in Batzenhofen für 20 Talente an das Kloster St. Afra und Ulrich in Augsburg. - Ulricus de Batzenhoven bezeugt 1249 in Urkunden von Hl. Kreuz und St. Stephan u. a. der Äbtissin von St. Stephan, Adelheim von Glaheim, daß diese dem Pfarrer Gerbold zu Bergheim einige Zehenten und Wiesen lebenslänglich überließ (Braun, Geschichte des Stiftes St. Stephan, Handschrift). In dem Diplom von St. Stephan ist auch eine Konventfrau Haelwich (Heilwig) de Batzenhofen genannt. - Wernherus und Marquardus de Batzenhoven sind 1257 als Bürgen für den bischöflichen Kämmerer Heinrich von Wellenburg genannt (Braun, Geschichte des Stiftes St. Stephan). - Ein Heinrich van Batzenhoven erscheint 1288 in einer Verkaufsurkunde des Klosters Hl. Kreuz betreffend einen Hof in Teferdingen (Mon. boica XXXV, p. 135). - Ulrich der Batzenhofer siegelte 1341 als Grundherr von Batzenhofen seine Urkunden mit einem Falken (Raißer, Gautia, S. 20). - Matheis Batzenhofer, Schenk und Diener von St. Stephan, führte 1468 den Doppelfalken in seinem Wappen. Neben ihm ist sein Bruder Peter genannt, dann Hans Batzenhofer und schließlich Felicitas Batzenhoferin, die mit dem Augsburger Großbürger Sulzer verheiratet war.
Nach den "Pazzenhofern" erscheinen Augsburger Bürgergeschlechter, die Portner, die Ridler (ursprünglich bedeutendes Münchner Bürgergeschlecht), die Endorfer, Stefan und Ulrich Sulzer (1518) und die Knöringer, im bischöflichen lehnbaren Besitz der Vogtei.
Das Stift St. Stephan übte nach dem Erlöschen des Ortsadels die niedere Gerichtsbarkeit über Batzenhofen aus und war schon 1402 im Besitz des ganzen Dorfes, mit Ausnahme eines Hofes und einer Sölde, welche St. Ulrich gehörten, aber 1592 von der Äbtissin Euphrosine von Kreit ebenfalls erworben wurden (Pfleger- oder Vogthof?). Infolge wiederholter Streitigkeiten betreffend die Obrigkeitsrechte erließ 1431 Kaiser Sigismund ein Mandat an die Rei6sstände, den Herrn Hans Ridler in Ausübung seiner Befugnisse nicht zu stören. In den Jahren 1452, 1469 und 1518 verglich sich St. Stephan mit den jeweiligen Vögten. Und um weitere Verdrießlichkeit zu vermeiden kaufte die Äbtissin Anna von Freyberg 1530 die Vogtei, Gericht und Lehensgüter um 1200 Floren in Gold von Ulrich von Knöringen. Da Batzenhofen im Gebiet der Markgrafschaft Burgau lag (s. Burgauer Grenzbeschreibung aus dem 15. Jahrhundert!), gehörte es unter die Landeshoheit von Burgau, das die Criminalgerichtsbarkeit ausübte. Im Jahre 1470 war die Markgrafschaft an den Augsburger Bischof von Werdenberg verpfändet worden. Dem vom Kloster eingesetzten Vogt (Verwalter), der ab 1630 als Oberamtmann seinen Sitz in Augsburg hatte, standen Grundbarkeitsrechte, der Zehent und alle Gülten zu. Er war als erster weltlicher Beamte des Stifts Berater der Äbtissin. Von 1682 bis 1803 sind folgende Oberamtmänner bekannt: Andreas Ziegler, Abraham Koberle, Johannes Jung, Joseph v. Eggs und Johann Eberle.
Die Äbtissinnen von St. Stephan ließen sich gewöhnlich in Batzenhofen huldigen; als letzte am 22. Juni 1789 Maria Antonia Freiin von Welden, die 1845 im Alter von 87 Jahren in Augsburg starb.
Durch die Säkularisation (Verweltlichung) im Jahre 1803 gingen alle Rechte an den Staat über und Batzenhofen wurde als selbständige Gemeinde dem kurfürstlich-bayerischen Landgericht in Göggingen unter Vorsitz von Nikolaus Rennibara unterstellt.
Im ältesten Güterverzeichnis von St. Stephan aus dem Jahre 1401 sind in Batzenhofen 7 Anwesen, 4 Bauernhöfe (Stainhart, Schaller, Schuster und Mack) und 3 Sölden beschrieben. Ein im Original erhaltenes Verzeichnis geistlicher Güter der Markgrafschaft Burgau vom Jahre 1458 erwähnt bei Batzenhofen neben den vier Höfen ebenso viele Sölden (kleinere Hofstellen), deren Zahl 1475 schon 12 betrug. Wenn handwerkliche Spezialisten eine Sölde bewirtschafteten, entstand vielfach eine selbständige Wirtschaftseinheit, so die 1475 erwähnte Schmiedhofstatt. In dem berühmten Feuerstattguldenverzeichnis von 1492 (einer genauen Beschreibung von Batzenhofen mit den Namen der Hofinhaber) sind 22 Feuerstätten angeführt, für die St. Stephan je einen Gulden bezahlte. In einem im Stadtarchiv zu Augsburg noch vorhandenen "Geometrischen Grundrißbuch" mit Aufzeichnungen eines Geschworenen und approbierten Veldmessers Michael Johann Caspar Klückh, Bürger in Wettenhausen, aus dem Jahre 1738 geschah die Vermessung im 1000teiligen Maßstab nach dem herkömmlichen Augsburger Feldmaß. Blatt I enthält einen genauen Grundriß des Dorfes mit Häusern, Gärten, Brunnen, Wegen, Gemeindeplätzen, Zäunen usw. Danach betrug die Zahl der Häuser ohne Städel mit der Kirche 48 (Bild S. 13). Der Flächenraum des Dorfes ohne Wege und Gemeindeplätze ist mit 22 Jauchert (= Tagwerk) angegeben. Zehn Großbegüterte besaßen Grundbesitz bis zu 139 Jauchert, der vorwiegend aus Wald bestand. Zu ihnen zählten: Der Mayer Mathes Hofbauer (139 Tagwerk), der Tafernwirt Jacob Baur (124 Tagwerk), St. Stephan (105 Tagwerk), Bauer Michael Schwab (97Tagwerk), Bauer Jörg Seitz (90Tagwerk), der Müller Thomas Welleshofer (83 Tagwerk), Bauer Ulrich Fries (80 Tagwerk), der Pfarrer (73 Tagwerk), Bauer Firmus Reuther (64 Tagwerk) und Braumeister Jakob Breysegger mit 33 Tagwerk Eigentum. Der größte Söldner besaß 26 Tagwerk, 26 Söldner hatten Besitztum von 3 bis 14 Tagwerk und 10 Bewohner waren Blößlinge (Gurden- oder Gnadenhäusler). Sie übten als Besitzlose (soweit es ihnen gestattet) ein Handwerk aus oder waren Taglöhner bei den Großen. Der Großgrundbesitz bestand aus vielen auseinanderfallenden Parzellen, so das Pfarrgut aus 45, der Mayerhof aus 50 und der Tafernhof aus 52 Parzellen. Der Mayerhof wurde 1832 und der Tafernhof 1838 zertrümmert.
Das Verhältnis des Klosters St. Stephan zu seinen Untertanen charakterisieren seine Stiftungen zu deren Gunsten. So stiftete der Konvent 1420 einen Jahrtag für alle Wohltäter des Stiftes, namentlich für Ulrich Mair zu Batzenhofen, Huber genannt. Im 18. Jahrhundert legte das Kloster unter der Leitung der Äbtissin Beate von Welden in Hausen an der Schmutter westlich von Augsburg ein Hospital für die Kranken und Alten seines Besitzes an. Im Jahre 1858 wurde das Gebäude verkauft. Aus dem auf 39620 Gulden angewachsenen Spital- und Almosenfond bezogen die Armen der Pfarrei Batzenhofen damals noch jährlich 175 Floren vom neuen Verwalter, dem Spital in Dinkelscherben. Noch heute hat Batzenhofen Anspruch auf zwei Freiplätze.
Im Jahre 1856 hatte Batzenhofen nach Aufzeichnungen von A. Steichele (Domkapitular des Bistums Augsburg) noch 49 Häuser, und zwar 6 Bauernhöfe, 34 Söldner und 9 Leerhäusler. Im Jahre 1932 zählte der Ort nah privaten Aufschreibungen 56 Gehöfte. Das Ausmaß des Gemeindeareals ist mit 344,09 ha angegeben, wovon auf das eigentliche Dorf 100 Tagwerk, auf die übrige Gemeindeflur 900 Tagwerk und auf Grundstücke und Besitztum in den Nachbarfluren 300 Tagwerk entfallen.

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